De leiding van de school is in handen van de rector. Hij is verantwoordelijk voor de kwaliteit van het onderwijs, de leerlingondersteuning, het schoolklimaat, de inzet en taakverdeling van het personeel, alsmede het gebruik van het gebouw en het beheer van de middelen.
De rector wordt bijgestaan door zes teamleiders. Samen vormen zij de directie.
De eindverantwoordelijkheid voor de totale schoolorganisatie berust bij het schoolbestuur.
Het Hoeksch Lyceum heeft zes teamleiders. Een teamleider voor de 1e klassen, de 2e klassen, mavo bovenbouw, havo bovenbouw, vwo bovenbouw en een teamleider bedrijfsvoering.
Elke leerlingengroep heeft een mentor die in de regel ook een vak aan de klas doceert.
De mentor is verantwoordelijk voor de cognitieve en sociaal-emotionele begeleiding (eerstelijnszorg) van zijn groep.
De mentor onderhoudt intensief contact met de leerlingen en hun ouder(s)/verzorger(s).
Het onderwijs ondersteunend personeel vervult verschillende taken op school (conciërges, administratie, onderwijsassistenten, toa’s).